Ильдар-хазрат Аляутдинов в 2001 году с отличием окончил самый сложный и наукоемкий факультет «Филологии и богословия» престижного каирского университета-академии «аль-Азхар», являющегося центром юридическо-богословских дисциплин и арабской филологии. Избрав научную стезю, Ильдар-хазрат в том же году, став бакалавром, поступил в магистратуру и через два года благополучно ее окончил. Период обучения в университете успешно совмещался с проповеднической и просветительской деятельностью. Его лекции и проповеди читались в Московской Мемориальной мечети на Поклонной горе.
Под редакцией Ильдара-хазрата вышли многие книги издательств «Muslim Media Press».
После завершения учебы в магистратуре Ильдар-хазрат по назначению муфтия шейха Равиля Гайнутдина стал главным имамом Московской Соборной мечети. Ильдар-хазрат также являлся ведущим преподавателем по дисциплине «Хутба-гомилетика» в Московском Исламском Университете, по другим программным дисциплинам во многих мактабах и медресе Москвы. Он возглавлял Экспертный отдел Духовного Управления мусульман РФ.
В 2012 году Духовным Управлением мусульман РФ был создан Мухтасибат города Москвы, объединивший местные религиозные организации с целью консолидации и координации совместной деятельности, систематизации образовательных программ и реализации общих задач на благо мусульман и общества в целом. Руководителем этого объединения был избран имам-хатыб Ильдар Аляутдинов. В 2013 году по решению Муфтия Шейха Равиля Гайнутдина Мухтасибат города Москвы был переоформлен в Духовное Управление города Москвы, председателем которого стал Ильдар-хазрат с официальным статусом — Муфтий города Москвы.
С 2011 года Ильдар-хазрат является членом президиума Духовного Управления мусульман РФ. Деятельность Духовного Управления мусульман РФ, помимо прочих направлений, связана с предоставлением канонически верных комментариев и разъяснений основ и положений исламской религии в связи с регулярно поступающими заявлениями и вопросами от СМИ, официальных органов власти, местных религиозных организаций и отдельных лиц. Применение данных положений и регламентов стало особенно актуальным в последние годы из-за увеличения числа мусульман и по иным объективным обстоятельствам. Это и послужило причиной возобновления работы в 2012 году Совета Улемов ДУМ, Председателем которого является Муфтий Шейх Равиль Гайнутдин, заместителем председателя — Шамиль Аляутдинов, имам-хатыб Московской Мемориальной мечети на Поклонной горе, а ответственным секретарем — Ильдар Аляутдинов.
Большую роль в просветительской деятельности, ознакомлении с особенностями культур и традиций мусульманских народов сыграло создание профессиональной студии. Будучи инициатором, вдохновителем и идеологом данного проекта, Ильдар-хазрат вместе с группой единомышленников разработал план работы студии, начав с открытия мусульманского интернет-радио «Miradio».
Работая на протяжении многих лет имамом мечети, ему часто приходилось оказывать всевозможную помощь прихожанам, малоимущим, больным и обездоленным. Недопустимость бессистемного распределения помощи тысячам нуждающихся привела к идее создания Фонда «Закят», где все операции оформляются официально, передача и использование средств контролируются. Таким образом, оказывается реализованным Божье предписание о необходимости справедливого распределения средств и оказания помощи неимущим. Генеральным директором Фонда «Закят» является Ильдар-хазрат Аляутдинов. Активная работа имама способствовала привлечению молодежи, представителей среднего и старшего поколения москвичей-мусульман к эффективному взаимодействию, которые под руководством духовного наставника серьезно занялись всесторонним самосовершенствованием и заимствованием позитивного делового опыта. Постепенно все это переросло в «Деловой клуб», на мероприятиях которого происходит интересный обмен мнениями, царит добрая атмосфера и дух стремления к гармоничной и полноценной жизни.
Ильдар-хазрат Аляутдинов является автором книг: «Пророк Мухаммад. Жизнеописание лучшего из людей», «Пятничные проповеди» (в 2 частях), «Таджвид. Правила чтения Корана», «Знай. Веруй. Чти», «Познай себя. Найди Бога. Заслужи вечность», «Жизнь, мы и духовные ценности». Имеет множество публикаций.